Okresní město a městská památková rezervace díky svému historickému jádru. Leží na Živném potoce, pod severním svahem Libína.

Jméno původní osady je odvozeno z osobního jména šlechtice Prachaty. Vzniká při staré obchodní cestě na místě dnešních Starých Prachatic. První zmínky jsou již z 11. století. Ležela na trase staré obchodní stezky později nazývané Zlaté. S postupným rozvojem obchodu se solí se však poloha osady ukázala jako nevýhodná a tak vzniká koncem 13. století nové město Prachatice.

Městská práva získává v roce 1323 od českého krále Jana Lucemburského a také monopolní právo dovozu a prodeje soli do Bavor. V roce 1420 byly Prachatice dobyty a vypáleny husity pod vedením J. Žižky a v jejich držení zůstaly až do roku 1436. V 16 století za pomoci Rožmberků dosahují Prachatice své největší slávy díky obchodu se solí , s obilím a se sladem. V druhé polovině 16 století přijíždělo týdně 1200 až 1300 soumarů s náklady. Díky tomuto zbohatnutí města zde vznikají budovy s honosnou výzdobou.

Po třicetileté válce následkem poklesu dovozu bavorské soli začíná význam města upadat a v roce 1692 byl dovoz úplně zakázán. Město tím přišlo o tradiční zdroj příjmů a bylo odkázáno jen na zemědělství, zpracování dřeva a řemeslnou výrobu.

V polovině 19. století se stávají Prachatice sídlem okresu, v roce 1875 je sem umístěna vojenská posádka a v roce 1893 je dokončena železniční trať z Vodňan.

V roce 1938 připadly Prachatice Německu a staly se pohraničním sudetským městem. Trvalo to až do května 1945, kdy byly osvobozeny zásluhou americké armády. V 2 polovině 20 století začíná na historické centrum navazovat moderní výstavba.