Spolek Lipensko pro život považuje stavební uzávěru za jednu z možností, jak zlepšit kvalitu vody v přehradě. Hejtman Martin Kuba (Naše Česko) na čtvrtečním zasedání jihočeského zastupitelstva uvedl, že kraj na podobný krok nemá potřebné kompetence. „Požadavky, které po nás Lipensko pro život chtělo, spadají do kompetence municipalit,“ řekl. Dodal, že pokud by kraj uzávěru vyhlásil, zřejmě by se věc dostala k soudu, protože by ji tak zřejmě řešily dotčené obce. „A my bychom ten spor rozhodně nevyhráli, protože bychom nedokázali obhájit, proč to děláme,“ uvedl Kuba.
Spolek poukazuje na to, že kvalita vody v přehradě se v posledních letech výrazně zhoršila. Podle něj za to z velké části může nárůst počtu domů a rekreačních objektů na břehu nádrže, které nemají dostatečně kvalitní čističky odpadních vod. „Územní plány (obcí) nadále počítají s desítkami tisíc nových rekreačních lůžek, ačkoliv současné čistírny a kanalizace jsou už dnes na hraně kolapsu,“ uvedla v dopise krajskému úřadu za spolek Pavla Setničková.
Vědci poukazují na to, že se v lipenské nádrži delší dobu výrazně množí sinice. Hlavním důvodem je fosfor ve vodě, který se do ní dostává různými cestami; největší zátěž podle vědců způsobují nedostatečně kvalitní čistírny odpadních vod. Existují také objekty, které vypouštějí odpad přímo do nádrže.
Na situaci reagovaly Volary na Prachaticku, které postaví novou čistírnu odpadních vod. Současnou čistírnou protéká Volarský potok, který do přehrady přináší až 16 procent celkového množství fosforu. Stavba má stát 100 milionů korun, dvě třetiny z toho zaplatí Jihočeský kraj. Kuba řekl, že kraj plánuje setkání s dalšími obcemi, jako je například Lipno, Frymburk, Černá v Pošumaví, Nová Pec nebo Horní Planá, a chce s nimi koncepčně řešit otázku kanalizace a odpadů.
